Началото на църквата е поставено през м. декември 1997 г. от п-р Стивън Суон, мисионер от Международното библейско баптистко сдружение, САЩ. Заедно с няколко души от Първа баптистка църква в София започват да провеждат събирания в апартамент в кв. Младост 1. Само месеци по-късно групата на вярващите вече е нараснала и през м. септември 1998 г. те наемат помещение в кв. Младост 2, което се използва за богослужения и досега.
През 2001 г. църквата е регистрирана в Софийски градски съд като част от Съюза на евангелските баптистки църкви в България, който е основан преди повече от 130 години и е една от най-старите и традиционни евангелски деноминации в страната. През 2007 г. църквата решава да закупи и постепенно да ремонтира сградата си, за да отговаря на нуждите на богослуженията и вярващите, както и да представи платформа за социални и културни дейности в региона.
На 21.10.2012 г. за пастор на църквата бе ръкоположен п-р Захари Цветков. Кратко след неговото официално оттегляне, на този пост се посвети п-р Стойчо Апостолов на 20.11.2016 г.
